Stanowiąca frontową część Dworca Morskiego w Gdyni Hala Pasażerska łączy się od wschodu z podłużną dwukondygnacyjną partią Magazynu Tranzytowego. Większość parteru tej części, poza zachodnim fragmentem zajmowanym przez hall bagażowy, służyła jako niezależny od dworca magazyn do składowania towarów drobnicowych i posiadała odrębne wejścia po obu stronach budynku. Integralną częścią stacji było natomiast piętro magazynu. Przestrzeń ta miała służyć dwóm funkcjom – kontroli celnej oraz składowaniu towarów. Wykorzystywanie tej kondygnacji jednocześnie do dwóch różnych celów miał ułatwić system przesuwnej siatki, która pełniła funkcję ścianki działowej i umożliwiała podział przestrzeni wg trzech wariantów w zależności od potrzeb. Na piętrze miały znaleźć się także kasy, w których przypływający pasażerowie mogli zaopatrzyć się w bilety kolejowe lub odebrać te kupione wcześniej za granicą.
Jednym z najciekawszych rozwiązań funkcjonalnych (ale też architektonicznych) Magazynu Tranzytowego było skomunikowanie piętra budynku ze statkami, które cumowały przy Nabrzeżu Francuskim. Wzdłuż całej elewacji północnej biegła rampa, do której dostawiano kładki, po których pasażerowie mogli się przedostać bezpośrednio na pokład transatlantyków. Przeniesienie procedury zaokrętowania z poziomu nabrzeża na trapy, znane z wcześniej omówionych realizacji zachodnio-europejskich, miało na celu nie tylko zwiększenie komfortu podróżnych. Umożliwiało także odseparowanie pasażerów, którzy przeszli odprawę, od osób postronnych, które mogły znaleźć się na nabrzeżu. Aby usprawnić komunikację między budynkiem a statkami, ale też ułatwić transport towarów, północna elewacja została wyposażona w system przesuwnych metalowych bram na szynach. Pozwalały one na swobodne kierowanie ruchu pasażerskiego w zależności od rodzaju cumującej jednostki. Co więcej, ich szerokość mogła być swobodnie regulowana, gdyż nie było między nimi żadnych słupów. Cały system powstał dzięki przemyślanej konstrukcji magazynu. Jego architekci zdecydowali się oprzeć ciężar struktury dachu na rzędzie wewnętrznych słupów, co pozwoliło z jednej strony na swobodne wykorzystanie przestrzeni magazynowej, a z drugiej – pozbawiło funkcji nośnej elewację od strony Nabrzeża Francuskiego. To właśnie dzięki temu rozwiązaniu pas metalowych bram mógł swobodnie zająć całą długość elewacji północnej.
Warto w tym miejscu wspomnieć o jeszcze jednym ciekawym i nowoczesnym elemencie obsługi magazynu – tzw. passarellach, czyli dwóch półportalowych dźwigach, które posiadały wbudowane kryte przejście dla pasażerów. Pełniły one jednocześnie funkcję żurawia portowego oraz trapu między rampą a pokładem statku. Urządzenia te, oddane do użytku w latach 1937–1938, zaprojektowano i wykonano specjalnie dla Dworca Morskiego. Magazyn Tranzytowy otrzymał proste, pozbawione dekoracji wnętrze, typowe dla architektury przemysłowej. Główną zasadą, która je kształtowała, było wyeksponowanie elementów konstrukcyjnych oraz materiału, z którego je wykonano, przez co stawały się one środkami wyrazu estetycznego. Regularnie rozmieszczone żelbetowe słupy, belki stropowe, łupinowe dachy z widocznymi śladami po szalunku miały podkreślać nowoczesne rozwiązanie techniczne wykorzystane przy budowie obiektu. Posadzkę również wyłożono płytami, prawdopodobnie betonowymi37. Jednocześnie, poprzez zastosowanie licznych podłużnych świetlików i łukowych okien w górnej partii najdłuższych elewacji, cały magazyn był doskonale doświetlony.
