Pierwszym pomysłodawcą utworzenia instytucji muzealnej w Lublinie był wybitny polski etnograf i językoznawca – Hieronim Łopaciński (1860-1906). Z jego inicjatywy w 1901 roku zostały zorganizowane w Lublinie dwie wystawy, które stanowiły zaczątek przyszłego Muzeum Lubelskiego. Pierwsza z nich, mieszcząca się w gmachu podominikańskim, poświęcona była przedmiotom sztuki i starożytności.
Łopaciński był autorem zarówno programu, jak i katalogu tejże wystawy, ale to dzięki pomocy lubelskiej inteligencji oraz szczerych chęci zarówno osób prywatnych, jak i instytucji, doszło do zebrania aż 4000 eksponatów. Pochodziły one wielu różnych dziedzin kultury i sztuki – na wystawie można było oglądać ryciny, wyroby rzemiosła artystycznego, rzeźby, dokumenty (druki i rękopisy), a także wykopaliska archeologiczne, numizmaty, militaria czy mapy. Druga wystawa nosiła nazwę „rolniczo-przemysłowej”, ponieważ znalazł się na niej specjalnie wydzielony dział ludoznawczy, w którym prezentowano m.in. modele chat, stroje ludowe czy plastykę obrzędową.
Łopaciński pragnął, by przynajmniej część eksponatów zebranych na te dwie wystawy potraktować jako zalążek przyszłego muzeum o charakterze rolniczo-przemysłowym. Jego ideą było zachowanie pamięci o minionych czasach i przedmiotach. W tym celu, w 1905 roku utworzone zostało Lubelskie Towarzystwo Rolnicze. Mimo, że Łopaciński zmarł nagle niespełna rok później, znaleźli się kontynuatorzy jego wzniosłej myśli. Wiele Towarzystw Naukowych oraz poważanych osób działających naukowo w Lublinie przekazywało swe cenne zbiory, aż w końcu, w dniu 12 grudnia 1906 roku nastąpiło uroczyste otwarcie muzeum.
Od tamtej pory Muzeum Lubelskie wielokrotnie zmieniało swoją siedzibę i strukturę, poszerzało swe zbiory i działalność wystawienniczą. Obecnie zbiory Muzeum liczą ponad 175 tysięcy eksponatów, które pochodzą z wielu dziedzin kultury i sztuki – począwszy od archeologii, przez militaria, numizmaty, rzemiosło artystyczne, sztukę ludową, aż po malarstwo i sztukę współczesną. Jest to zatem muzeum wielodziałowe, które reprezentuje zarówno narodowe, jak i europejskie dziedzictwo, ze szczególnym uwzględnieniem regionalnej spuścizny kulturowej.
Siedziba główna Muzeum mieści się od roku 1954 na tzw. wzgórzu zamkowym, w zaadaptowanym na cele wystawiennicze XIX-wiecznym, neogotyckim gmachu dawnego więzienia (początkowo carskiego, później hitlerowskiego i komunistycznego) wzniesionego na ruinach Zamku Lubelskiego. O królewskiej przeszłości niezmiennie przypominają dwa najstarsze obiekty będące pod opieką Muzeum – romański donżon oraz gotycka Kaplica Trójcy Świętej z niezwykłymi freskami bizantyjsko-ruskimi z XV wieku.
Początki Zamku Lubelskiego sięgają już XII wieku. Istniejący wówczas na wzgórzu zamkowym drewniany gród był siedzibą kasztelana, a później starosty. Lublin w tym okresie wielokrotnie najeżdżały wrogie plemiona, m.in. Tatarów i Jadźwingów, dlatego w połowie XIII wieku na wzgórzu wzniesiono pierwszy murowany obiekt – wieżę obronno-mieszkalną, zwaną donżonem. Jest to najstarszy zabytek zachowany na terenie wzgórza zamkowego, zbudowany w stylu romańskim. Od XIV wieku, wieża pełniła funkcję więzienia, w którym przetrzymywano zarówno szlachtę, która zwlekała z zapłatą długów, jak i ciężkich przestępców, których dni były już policzone.
W XIV wieku ze względu na strategiczne położenie Lublina król Kazimierz Wielki postanowił wzmocnić obronność miasta i ufundował gotycki, murowany zamek otoczony murem obronnym. Jego częścią była Kaplica Trójcy Świętej – jeden z najcenniejszych zabytków średniowiecznej sztuki sakralnej, również zachowany do dziś. Jej wnętrza zostały ozdobione freskami bizantyjsko-ruskimi z fundacji Władysława Jagiełły w 1418 roku. Z tego względu jest to miejsce wyjątkowe, w którym stykają się dwa wielkie kręgi kulturowe: architektonicznie bowiem kaplica związana jest z późnośredniowiecznym stylem gotyckim, a poprzez malowidła – z kulturą wschodu i prawosławia.
W XV-XVI wieku Lublin był miastem o dużym znaczeniu politycznym i gospodarczym – Zamek Lubelski znajdował się wówczas na królewskim szlaku prowadzącym z Krakowa do Wilna, dlatego często zatrzymywali się w nim kolejni władcy, którzy nadawali miastu liczne prawa i przywileje, jak np. przywilej organizowania jarmarków, czy prawo składu. Tutaj także, pod opieką Jana Długosza wychowywali się synowie Kazimierza Jagiellończyka. Za czasów ostatnich Jagiellonów zamek został przebudowany w renesansową rezydencję na wzór Wawelu. W jego murach w 1569 roku doszło do podpisania jednego z najważniejszych aktów w historii Polski – unii polsko-litewskiej, zwanej unią lubelską.
Po przeniesieniu stolicy Polski z Krakowa do Warszawy w 1596 r. Zamek Lubelski stracił na znaczeniu i podupadł – nie było już potrzeby łożyć na jego utrzymanie i niezbędne remonty. W XVII wieku, w wyniku licznych wojen, m.in. ze Szwedami zamek został niemal całkowicie zniszczony – ocalała tylko wieża oraz kaplica. W latach 1824-26 na ruinach dawnego zamku rozpoczęto budowę neogotyckiego gmachu więzienia. Funkcjonowało ono przez 128 lat, aż do roku 1954 , kiedy więzienie ostatecznie zlikwidowano, a obiekt poddano gruntownemu remontowi. Od tego czasu mieści się tam główna siedziba Muzeum Lubelskiego. Ponadto, Muzeum posiada siedem oddziałów – cztery miejscowe i trzy zamiejscowe (w Kraśniku i Nałęczowie).
W chwili obecnej, oprócz odrębnych ekspozycji w Kaplicy Trójcy Świętej oraz donżonie, w Muzeum prezentowanych jest dziewięć wystaw stałych:
1. Śladami przeszłości. Najdawniejsze dzieje ziemi lubelskiej.
2. Monety i medale na ziemiach polskich X-XX w.
3. Uzbrojenie polskie i obce XIV-XX w.
4. Polskie malarstwo historyczne i batalistyczne.
5. Sztuka zdobnicza polska i obca.
6. Galeria malarstwa polskiego XVII-XIX w.
7. Galeria malarstwa obcego XVII-XIX w.
8. Sztuka ludowa regionu lubelskiego.
9. Galeria malarstwa cerkiewnego.
